توالی یابی کل ژنوم در حساسیت به COVID-19

به گزارش واحد ژنتیک پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، بدون شک عوامل ژنتیکی نقش مهمی در حساسیت و مقاومت به COVID-19 دارند. همانطور که توسط مطالعات ارتباطی متعدد نشان داده شده است، ژنتیک میزبان می تواند بر تفاوت در پاسخ به عفونت و بنابراین، تظاهرات بالینی متفاوت COVID-19 تأثیر بگذارد. تا به امروز، چندین گونه ژنتیکی که با حساسیت و مقاومت به COVID-19 مرتبط هستند شناسایی شده اند. مطالعات اخیر نشان دادند که یک بخش ژنومی مرتبط با کووید-19 شدید از نئاندرتال ها به ارث رسیده است و حدود 50 درصد از مردم آسیای جنوبی و حدود 16 درصد از مردم اروپا آن را حمل می کنند.

مناطق مرتبط با مقاومت COVID-19 نیز گزارش شده است که شیوع هتروزیگوت هموگلوبین E، که در آسیای جنوب شرقی گسترده است و با سندرم تالاسمی مرتبط است، با ایمنی نسبت به COVID-19 ارتباط مثبت دارد. بررسی تغییرات در DNA میتوکندری (mtDNA) تفاوت هایی را در ژن ND2، در ناحیه D-loop و در ژن سیتوکروم c اکسیداز I نشان داد که با کاهش خطر ابتلا به COVID-19 شدید مرتبط بود

همچنین انواع ژنتیکی متعددی که برای تظاهرات مختلف COVID-19 به حساب می آیند، در آنتی ژن های لکوسیت انسانی (HLA)، پروتئین هایی که توسط کمپلکس اصلی سازگاری بافتی (MHC) کدگذاری می شوند، یافت شدند. تجزیه و تحلیل ژن ACE2، که در کروموزوم X قرار دارد و با نرخ بالای پلی مورفیسم در مناطق کدکننده آن مشخص می شود، نشان داد که انواع مختلف به طور متفاوتی در عفونت COVID-19 نقش دارند.

نتیجه مطالعات

عفونت های COVID-19 یک نگرانی جدی برای سلامت جهانی است، بنابراین شناسایی نشانگرهای زیستی برای حساسیت و مقاومت در برابر این بیماری که می تواند به ارزیابی سریع خطر و تصمیم گیری قابل اعتماد در مورد درمان بیماران و بستری شدن بالقوه در بیمارستان کمک کند، بسیار مهم است. علاوه بر این، COVID-19 طیف گسترده ای از علائم بالینی را از یک دوره بدون علامت تا یک دوره شدید نشان می دهد.

بنابراین، هدف از مطالعه این بود که مجموعه ای از واریانت هایی را انتخاب کنیم که به طور قابل توجهی بر تنوع ژنوم افرادی که از عفونت شدید COVID-19 رنج می برند و کسانی که با وجود قرار گرفتن در معرض آن هرگز آلوده نشده اند (یعنی مقاوم) تأثیر می گذارند، با تمرکز بر جهش های علت بالقوه نشان دهنده SNP های واقع در داخل مناطق کدگذاری یا نظارتی با اثرات بالا، اما در عین حال متوسط. از آنجایی که اثرات انواع علّی بر فنوتیپ های زیربنایی یک حالت توارث پیچیده معمولاً متوسط ​​تا کوچک است و بسیاری از گونه ها در LD هستند، استفاده از داده های توالی کل ژنوم و تجزیه و تحلیل آماری که متناسب با متغیرها به طور همزمان انجام می شود، مدیریت آماری واقعی تری را برای فنوتیپ ارائه می کند.

مهم ترین SNP (rs2101196) برای پیامد شدید در کروموزوم 1، در اینترون AJAP1 شناسایی شد. AJAP1 یک پروتئین غشایی است که انتقال اپیتلیال به مزانشیمی را از طریق تعامل با β-کاتنین و مهار انتقال هسته ای آن مسدود می کند. بیان بیش از حد AJAP1 ممکن است متاستاز کارسینوم سلولی کبدی را کاهش دهد. در مورد مقاومت در برابر COVID-19، مهم ترین SNP (rs7772946) در کروموزوم 6، در اینترون FIG4 قرار داشت.

در حال حاضر بیش از دو سال از COVID-19 می گذرد و داده های بالینی و ژنومی جمع آوری می شود، اما ما تنها در ابتدای درک مکانیسم های ژنتیکی زیربنایی عفونت هستیم. با داشتن پایگاه های اطلاعاتی عظیمی که در طول همه گیری ایجاد شده اند، اکنون زمان آن رسیده است که تحقیقات عمیق تری برای درک پیامدهای مختلف عفونت COVID-19 و درک نحوه توارث آن ها انجام شود.