عدم ارتباط جهش‌های ژن اسپایک با افزایش شدت کووید ۱۹

به گزارش واحد ژنتیک پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، تحقیقات جدید مرکز هوش محاسباتی UNC شارلوت برای پیش بینی خطرات بهداشتی و زیست محیطی (CIPHER) نشان می دهد که دو سویه اخیر و رایج ویروس که باعث COVID-19 می شوند، انواع SARS-CoV-2 BA.2.86 و JN.1، علیرغم داشتن تعداد زیادی جهش در مقایسه با Omicron، در فرار از پاسخ های ایمنی و ایجاد عفونت به طور قابل توجهی بهتر از سلف خود Omicron نیستند. هنگامی که برای اولین بار شناسایی شد، نوع Omicron، BA.2.86، و خویشاوند نزدیک آن، JN.1، نگرانی های بهداشت عمومی قابل توجهی را ایجاد کردند. این نگرانی ها با این واقعیت مرتبط بود که نوع اصلی Omicron بسیار جهش یافته بود، که منجر به فرار سیستم ایمنی و عفونت های جدید و همچنین عفونی تر و بسیار جهش یافته تر در مقایسه با انواع قبلی شد.

برخی گمانه زنی ها وجود داشت مبنی بر اینکه تعداد زیادی جهش جدید در BA.2.86 و JN.1 توانایی بیشتری را به این گونه ها برای فرار از سیستم ایمنی انسان و قابلیت انتقال بیشتر می دهد. تجزیه و تحلیل های محاسباتی گسترده ای که توسط تیمی از محققان و دانشجویان UNC شارلوت انجام شد، مشخص کرد که این گونه ها فقط تغییرات کوچک و از نظر آماری ناچیز در فرار ایمنی و ظرفیت اتصال سلول میزبان در مقایسه با انواع قبلی، از جمله Omicron دارند. برای ارزیابی فرار ایمنی BA.2.86 و JN.1، تیم تحقیقاتی UNC Charlotte در تجزیه و تحلیل سیلیکونی روی دامنه اتصال گیرنده RBD ناحیه ژنوم ویروسی که واکسن های mRNA بر علیه آن طراحی شده اند، انجام داد. در تحقیق اخیر، دو نوع جدیدتر با انواع قبلی برای محاسبه میل اتصال نسبی آنتی بادی های خنثی کننده از بیماران واکسینه شده، بیماران آلوده مقایسه شدند. علاوه بر آنالیز آنتی بادی، محققان میل اتصال نسبی BA.2.86 و JN.1 را به آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 گیرنده ویروسی روی سلول های انسانی در مقایسه با انواع قبلی محاسبه کردند.
این تیم تغییرات جزئی در میل اتصال برای آنتی بادی های خنثی کننده و ACE2 برای BA.2.86 و JN.1 در مقایسه با انواع قبلی SARS-CoV-2 پیدا کردند. با این حال، این تغییرات از نظر آماری معنی دار نبودند. بنابراین، آنها به این نتیجه رسیدند که BA.2.86 و JN.1 افزایش قابل توجهی در فرار ایمنی یا قابلیت انتقال به انواع قبلی ندارند. RBD ویروسی برای اتصال به گیرنده ACE2 سلول انسانی بسیار مهم است، و تغییر شدید RBD برای فرار از آنتی بادی های خنثی کننده موجود توسط واکسن یا عفونت قبلی بدون کاهش قابل توجه میل RBD به ACE2 غیرممکن است. بسیاری از باقی مانده های RBD که برای اتصال به ACE2 حیاتی هستند نیز هدف آنتی بادی ها هستند. آنتی بادی های خنثی کننده ای که RBD را هدف قرار می دهند به طور فزاینده ای خاص و کارآمد شده اند. در نتیجه این بن بست بیوشیمیایی، پروتئین های SARS-CoV-2 خارج از RBD با ظهور انواع جدید، جهش هایی انباشته کرده اند.

به عنوان مثال، نوع JN.1 دارای سه جهش خارج از RBD نسبت به سلف اخیر خود BA.2.86 است. این جهش ها باید مورد مطالعه قرار گیرند، اما داده های اولیه نشان می دهد که تکثیر ویروسی را افزایش می دهند و سیستم ایمنی سلول های میزبان را تنظیم می کنند. در گذشته، برخی از این جهش ها در این پروتئین ها منجر به افزایش فرار ایمنی و افزایش تکثیر ویروسی شده است. بنابراین، این جهش ها ممکن است به JN.1 اجازه داده باشد که از نظر شیوع در بین انواع SARS-CoV-2 از BA.2.86 پیشی بگیرد. فشار تکاملی اکنون به سمت آن ژن های خارج از RBD معطوف شده است. در نتیجه، تحقیقات آینده بر روی ژن های خارج از RBD متمرکز خواهد شد. نتایج نشان می دهد که شمارش جهش های RBD به تنهایی نشان دهنده فرار سیستم ایمنی و بارهای جدید احتمالی بر سلامت عمومی نیست.